PKM Insights

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作者 Alex Chen 发布: 更新: 阅读时长: 6 分钟

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Zotero 与 Mendeley 在 Obsidian 集成方面的 2026 年比较

快速回答： 对于 Obsidian 用户来说，Zotero 是无可争议的冠军，因为它拥有开源架构、强大的本地存储选项以及卓越的社区插件（如 Zotero Integration 和 Citations）。Mendeley 提供了精致的界面，但由于其封闭的生态系统、加密的本地数据库以及对纯云同步机制的依赖，它在 Obsidian 集成方面表现不佳。

在 Obsidian 中构建一个无缝的学术工作流需要一个能够与纯文本、本地文件和第三方插件良好协作的参考管理器。多年来，参考管理领域的两大巨头一直是 Zotero 和 Mendeley。两者都擅长捕获引文、组织 PDF 以及为传统文字处理器格式化参考文献。

然而，当您将个人知识管理 (PKM) 工具 Obsidian 引入其中时，要求会发生显著变化。您不再仅仅需要一个存储 PDF 的地方；您需要一个能够提取注释、生成 Markdown 文献笔记并与您更广泛的知识图谱无缝链接的系统。

这篇全面的比较文章将详细分析 Zotero 和 Mendeley 如何处理 Obsidian 集成，考察插件生态系统、PDF 注释工作流和长期数据可移植性。

要获得完整笔记记录工作流，请将您的参考管理器连接到 Obsidian 学术论文工作流，这样引文、文献笔记和章节草稿就不会分系统存储。

参考管理器概览

在深入了解 Obsidian 特定的工作流之前，了解这两种应用程序的核心理念和架构至关重要，因为这些基本差异决定了它们与外部工具的集成程度。

1. Zotero

最适合： 学术研究人员、开源倡导者和高级 Obsidian 用户。 价格： 免费（开源），云存储定价 2GB 起每年 20 美元。 评分： 4.8/5

Zotero 是一款免费的开源参考管理软件，由 Corporation for Digital Scholarship 开发。其主要优势在于其令人难以置信的灵活性和社区驱动的生态系统。由于它是开源的，开发人员可以轻松构建扩展其功能的插件，从而实现与基于 Markdown 的编辑器的深度可定制连接。Zotero 将数据本地存储在可访问的 SQLite 数据库中，使其与本地优先工具高度兼容。

优点：

  • 完全开源，带有可访问的本地数据库
  • 无与伦比的第三方插件生态系统（Better BibTeX, Zotfile）
  • 从几乎任何网页源提取高质量元数据
  • 优秀的内置 PDF 阅读器，具有注释提取功能

缺点：

  • 界面与现代替代品相比感觉略显过时
  • 免费云存储限制为 300MB（但本地/WebDAV 同步免费）

2. Mendeley Reference Manager

最适合： 协作实验室环境和 Elsevier 生态系统用户。 价格： 免费，提供机构计划。 评分： 3.5/5（用于 Obsidian）

Mendeley 由学术出版巨头 Elsevier 所有，在弃用 Mendeley Desktop 转而使用基于云的 Mendeley Reference Manager 后，经历了一次巨大的转变。虽然它提供了非常时尚、现代的界面和出色的研究团队协作功能，但其向封闭的云优先架构的转变严重阻碍了其互操作性。本地数据库现在已加密，使得第三方工具难以直接与您的图书馆交互。

优点：

  • 现代、简洁、直观的用户界面
  • 与 Elsevier 庞大的出版物数据库深度集成
  • 出色的内置工具，可与研究小组共享论文
  • 慷慨的 2GB 免费云存储空间

缺点：

  • 封闭生态系统，带有加密的本地数据库
  • 对第三方 Markdown 集成支持不佳
  • 停用了本地文件管理工具（不再有自动 PDF 重命名）

Obsidian 插件生态系统

将参考管理器与 Obsidian 集成的决定性因素是可用桥接插件的质量和可靠性。这正是两个平台之间架构差异变得非常明显的地方。

Zotero 的集成武器库

Zotero 的开放架构使 Obsidian 社区能够构建极其强大、自动化的工作流。

  1. Zotero Integration (前身为 Zotero Roam)： 这是金标准插件。它直接连接到 Zotero 的本地数据库（或通过 Better BibTeX 插件）将引文、摘要和您的 PDF 亮点直接导入 Obsidian。它使用强大的模板（Nunjucks）精确地按照您想要的方式格式化您的文献笔记。
  2. Citations 插件： 一种更轻量级的替代方案，它读取由 Better BibTeX 持续导出的 .bib 或 .json 文件。它速度极快，非常适合在写作时简单地将 Markdown 引文（例如，[@smith2023]）插入到您的笔记中。
  3. Better BibTeX (Zotero 插件)： 虽然它本身不是 Obsidian 插件，但这个 Zotero 附加组件是使 Obsidian 连接工作的引擎。它生成稳定、可预测的引文键，并在后台不断更新您的导出文件。

Mendeley 的集成困境

将 Mendeley 与 Obsidian 集成是一项需要妥协的工作。由于 Elsevier 在较新的 Mendeley Reference Manager 中加密了本地数据库，Obsidian 插件无法直接读取您的本地数据。

  1. BibTeX 导出变通方法： 将 Mendeley 数据导入 Obsidian 的主要方法是手动将您的图书馆导出为 .bib 文件，或设置一个同步脚本。然后，您可以使用 Obsidian Citations 插件来读取此文件。然而，这是一条单向道；它不能可靠地导入您的 PDF 注释或亮点。
  2. 社区 API 集成： 一些开发人员尝试构建使用 Mendeley Web API 获取参考文献的插件。这些插件通常速度慢，需要复杂的身份验证设置，并且在 Elsevier 更新其 API 端点时容易中断。
  3. 本地文件控制的丧失： Mendeley 不再允许您轻松管理您的 PDF 在硬盘上的本地存储位置。这意味着您无法使用 Obsidian 直接链接到您 vault 中的物理 PDF 文件。

PDF 注释工作流

学术 PKM 的一个关键部分是阅读论文、高亮文本、添加笔记并将这些见解传输到您的知识图谱中。

Zotero 路径

Zotero 具有内置的带标签 PDF 阅读器。当您高亮文本并添加便笺时，Zotero 会保存这些注释。

使用 Obsidian Zotero Integration 插件，您可以在 Obsidian 中触发“导入笔记”命令。该插件将获取论文的元数据，拉取您的所有亮点，抓取您裁剪的任何图像，并将其格式化为干净的 Markdown 文档。如果您在 Zotero 中使用了颜色编码的高亮（例如，黄色表示方法，红色表示评论），您可以将这些颜色映射到 Obsidian 中的特定 Markdown 格式或标注块。这是一个无缝且高度可定制的管道。

Mendeley 路径

Mendeley 也拥有出色的内置 PDF 阅读器，可以说比 Zotero 的默认阅读器更流畅。它能很好地处理高亮、便笺和跨设备同步。

当您想将这些注释从 Mendeley 导出到 Obsidian 时，问题就出现了。由于数据被锁定在云端或在本地加密，您无法使用自动化的 Obsidian 插件来拉取您的亮点。您被迫手动将 Mendeley 中的注释导出为文本文件，然后复制粘贴到 Obsidian 笔记中。这种手动摩擦挫败了集成 PKM 系统的目的。

数据所有权和未来保障

Obsidian 的核心理念是“本地优先，纯文本”。您永远拥有您的数据。在选择参考管理器时，考虑它是否符合此理念至关重要。

Zotero 与 Obsidian 完美契合。您的数据库存在于您的硬盘上。您可以使用 Zotfile 等插件（或 Zotero 的内置文件管理功能）自动重命名您的 PDF 并将其存储在特定文件夹中——甚至直接存储在您的 Obsidian vault 中。如果 Zotero 明天停止存在，您的 PDF 和导出的 .bib 文件仍然完全可访问。

Mendeley 完全朝着相反的方向发展。通过强制用户使用依赖于云的基础设施并加密本地缓存，Elsevier 将您的数据锁定在其生态系统中。如果您失去互联网访问，您的工作流就会降级。如果您将来想从 Mendeley 迁移，提取您组织好的 PDF 和注释是一个众所周知的困难过程。

设置工作流的实用建议

如果您致力于在 Obsidian 中构建研究工作流，那么前进的道路是清晰的。以下是构建健壮、可靠系统的方法：

  1. 安装 Zotero： 下载开源客户端。
  2. 添加 Better BibTeX： 立即安装此 Zotero 插件。进入其首选项并设置您的引文键格式（例如，[auth:lower][year]）。将其设置为自动将您的图书馆 .json 导出文件更新到您的 Obsidian vault 中。
  3. 配置文件管理： 将 Zotero 设置为使用标准格式（作者 - 年份 - 标题）重命名您附加的 PDF，并将其存储在单个本地目录中。
  4. 在 Obsidian 中安装 Zotero Integration： 安装此社区插件。将其指向您的 Zotero 数据库并配置一个 Nunjucks 模板。首先保持您的模板简单：标题、作者、年份、摘要以及一个打印出您的 PDF 注释的循环。
  5. 养成阅读习惯： 完全在 Zotero 的原生 PDF 阅读器中阅读和注释。完成后，打开 Obsidian，触发导入命令，并观察您的 Markdown 文献笔记自动生成。

结论

在评估 Zotero 与 Mendeley 在 Obsidian 集成方面时，比较结果明显一边倒。Zotero 的开源性质、强大的本地数据库和专门的社区带来了感觉像原生功能的集成工具。它允许引文和注释的自动化、无缝传输直接进入您的 Markdown 笔记。

Mendeley 仍然是传统学术写作和团队协作的强大工具，但其封闭的生态系统和加密架构使其与 Obsidian 用户所需的本地优先、高度连接的工作流根本不兼容。对于 PKM 和笔记制作，Zotero 是必不可少的选择。

常见问题

我可以将现有的 Mendeley 图书馆迁移到 Zotero 吗？

是的。Zotero 有一个专门针对 Mendeley 的内置导入器。由于 Mendeley 加密了其数据库，您需要遵循 Zotero 的具体说明，这通常涉及通过 Zotero 导入器登录您的 Mendeley 在线帐户以绕过本地加密。

我需要为 Zotero 存储付费才能在 Obsidian 中使用它吗？

不需要。只有当您希望 Zotero 托管您的 PDF 文件以在设备之间同步时，才需要为 Zotero 的云存储付费。您的元数据始终免费同步。如果您想要免费的 PDF 同步，您可以将 Zotero 配置为通过任何标准 WebDAV 服务同步您的附件文件，或者简单地将您的 Zotero PDF 文件夹存储在 Dropbox 或 Google Drive 等云盘中。

Citations 插件和 Zotero Integration 有什么区别？

Citations 插件主要用于搜索您的图书馆并在写作时快速插入 Markdown 引文键。Zotero Integration 是一个更重、更强大的工具，旨在导入整个元数据块并提取 PDF 注释以创建全面的文献笔记。许多用户同时运行这两个插件。

Mendeley 是否为 Obsidian 开发人员提供任何 API 访问？

Mendeley 确实有 API，但它受到严格限制，需要复杂的 OAuth 身份验证工作流，并且经常以破坏第三方工具的方式进行更新。由于这些开发障碍，目前没有可靠、持久的 Obsidian 插件适用于现代 Mendeley Reference Manager。

The translation of the main body and FAQs is complete, including internal link remapping and preservation of technical terms.
I will now update the todo list.
---
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  Zotero Mendeley Obsidian 集成至关重要，因为 Zotero 与 Mendeley 在 Obsidian
  集成方面的 2026 年比较，将 Zotero 与 Mendeley 在 Obsidian
  集成方面的 2026 年比较，从一个松散的想法转变为一个具体的实际操作决策。我将最密切地关注“参考管理器概览”部分，因为该细节会影响设置能否经受住真实知识系统的考验。需要注意的是，在将其标准化之前，先在一个有代表性的项目上试用该建议；插件设置、文件结构、硬件限制或团队习惯可能会迅速改变结果。小规模测试使建议更容易验证，并防止看起来整洁的设置在以后造成清理工作。
authorNote: >-
  我将在一个活跃的知识系统中测试这一点，将 Zotero 与 Mendeley 在 Obsidian
  集成方面的 2026 年比较应用于实际任务，而不是一次性迁移所有内容。陷阱是假设示例与您自己的命名约定、设备或审阅节奏相匹配。我将记录一周内的摩擦点，然后只保留那些减少重复手动工作的部分。
manualRelated:
  - title: "Obsidian 学术工作流 2026：完整的论文设置指南"
    url: "/zh-cn/posts/obsidian-academic-workflow-for-thesis-2026/"
  - title: "Mendeley 与 Zotero 在 Obsidian 集成方面的 2026 年：终极评测"
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  - title: "Logseq 与 Obsidian 的第二大脑：2026 年终极比较"
    url: "/zh-cn/posts/logseq-vs-obsidian-for-second-brain/"
title: "Zotero 与 Mendeley 在 Obsidian 集成方面的 2026 年比较"
description: "深入了解 Zotero 或 Mendeley 哪一个能为您的学术工作流提供最佳 Obsidian 集成，内含插件、同步和 PDF 提取的详细比较。"
pubDate: "2026-05-07"
author: "Alex Chen"
tags: ["obsidian", "reference management", "academic workflow", "pkm"]
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_作为亚马逊联盟成员，我们通过符合条件的购买赚取收益。这篇文章可能包含联盟链接。_

# Zotero 与 Mendeley 在 Obsidian 集成方面的 2026 年比较

> **快速回答：** 对于 Obsidian 用户来说，Zotero 是无可争议的冠军，因为它拥有开源架构、强大的本地存储选项以及卓越的社区插件（如 Zotero Integration 和 Citations）。Mendeley 提供了精致的界面，但由于其封闭的生态系统、加密的本地数据库以及对纯云同步机制的依赖，它在 Obsidian 集成方面表现不佳。

在 Obsidian 中构建一个无缝的学术工作流需要一个能够与纯文本、本地文件和第三方插件良好协作的参考管理器。多年来，参考管理领域的两大巨头一直是 Zotero 和 Mendeley。两者都擅长捕获引文、组织 PDF 以及为传统文字处理器格式化参考文献。

然而，当您将个人知识管理 (PKM) 工具 Obsidian 引入其中时，要求会发生显著变化。您不再仅仅需要一个存储 PDF 的地方；您需要一个能够提取注释、生成 Markdown 文献笔记并与您更广泛的知识图谱无缝链接的系统。

这篇全面的比较文章将详细分析 Zotero 和 Mendeley 如何处理 Obsidian 集成，考察插件生态系统、PDF 注释工作流和长期数据可移植性。

要获得完整笔记记录工作流，请将您的参考管理器连接到 [Obsidian 学术论文工作流](/zh-cn/posts/obsidian-academic-workflow-for-thesis-2026/)，这样引文、文献笔记和章节草稿就不会分系统存储。

## 参考管理器概览

在深入了解 Obsidian 特定的工作流之前，了解这两种应用程序的核心理念和架构至关重要，因为这些基本差异决定了它们与外部工具的集成程度。

### 1. [Zotero](https://www.amazon.com/s?k=Zotero&tag=pkm.notes-automate-20)

**最适合：** 学术研究人员、开源倡导者和高级 Obsidian 用户。
**价格：** 免费（开源），云存储定价 2GB 起每年 20 美元。
**评分：** 4.8/5

Zotero 是一款免费的开源参考管理软件，由 Corporation for Digital Scholarship 开发。其主要优势在于其令人难以置信的灵活性和社区驱动的生态系统。由于它是开源的，开发人员可以轻松构建扩展其功能的插件，从而实现与基于 Markdown 的编辑器的深度可定制连接。Zotero 将数据本地存储在可访问的 SQLite 数据库中，使其与本地优先工具高度兼容。

**优点：**
- 完全开源，带有可访问的本地数据库
- 无与伦比的第三方插件生态系统（Better BibTeX, Zotfile）
- 从几乎任何网页源提取高质量元数据
- 优秀的内置 PDF 阅读器，具有注释提取功能

**缺点：**
- 界面与现代替代品相比感觉略显过时
- 免费云存储限制为 300MB（但本地/WebDAV 同步免费）

### 2. [Mendeley Reference Manager](https://www.amazon.com/s?k=Mendeley%20Reference%20Manager&tag=pkm.notes-automate-20)

**最适合：** 协作实验室环境和 Elsevier 生态系统用户。
**价格：** 免费，提供机构计划。
**评分：** 3.5/5（用于 Obsidian）

Mendeley 由学术出版巨头 Elsevier 所有，在弃用 Mendeley Desktop 转而使用基于云的 Mendeley Reference Manager 后，经历了一次巨大的转变。虽然它提供了非常时尚、现代的界面和出色的研究团队协作功能，但其向封闭的云优先架构的转变严重阻碍了其互操作性。本地数据库现在已加密，使得第三方工具难以直接与您的图书馆交互。

**优点：**
- 现代、简洁、直观的用户界面
- 与 Elsevier 庞大的出版物数据库深度集成
- 出色的内置工具，可与研究小组共享论文
- 慷慨的 2GB 免费云存储空间

**缺点：**
- 封闭生态系统，带有加密的本地数据库
- 对第三方 Markdown 集成支持不佳
- 停用了本地文件管理工具（不再有自动 PDF 重命名）

## Obsidian 插件生态系统

将参考管理器与 Obsidian 集成的决定性因素是可用桥接插件的质量和可靠性。这正是两个平台之间架构差异变得非常明显的地方。

### Zotero 的集成武器库

Zotero 的开放架构使 Obsidian 社区能够构建极其强大、自动化的工作流。

1.  **Zotero Integration (前身为 Zotero Roam)：** 这是金标准插件。它直接连接到 Zotero 的本地数据库（或通过 Better BibTeX 插件）将引文、摘要和您的 PDF 亮点直接导入 Obsidian。它使用强大的模板（Nunjucks）精确地按照您想要的方式格式化您的文献笔记。
2.  **Citations 插件：** 一种更轻量级的替代方案，它读取由 Better BibTeX 持续导出的 `.bib` 或 `.json` 文件。它速度极快，非常适合在写作时简单地将 Markdown 引文（例如，`[@smith2023]`）插入到您的笔记中。
3.  **Better BibTeX (Zotero 插件)：** 虽然它本身不是 Obsidian 插件，但这个 Zotero 附加组件是使 Obsidian 连接工作的引擎。它生成稳定、可预测的引文键，并在后台不断更新您的导出文件。

### Mendeley 的集成困境

将 Mendeley 与 Obsidian 集成是一项需要妥协的工作。由于 Elsevier 在较新的 Mendeley Reference Manager 中加密了本地数据库，Obsidian 插件无法直接读取您的本地数据。

1.  **BibTeX 导出变通方法：** 将 Mendeley 数据导入 Obsidian 的主要方法是手动将您的图书馆导出为 `.bib` 文件，或设置一个同步脚本。然后，您可以使用 Obsidian Citations 插件来读取此文件。然而，这是一条单向道；它不能可靠地导入您的 PDF 注释或亮点。
2.  **社区 API 集成：** 一些开发人员尝试构建使用 Mendeley Web API 获取参考文献的插件。这些插件通常速度慢，需要复杂的身份验证设置，并且在 Elsevier 更新其 API 端点时容易中断。
3.  **本地文件控制的丧失：** Mendeley 不再允许您轻松管理您的 PDF 在硬盘上的本地存储位置。这意味着您无法使用 Obsidian 直接链接到您 vault 中的物理 PDF 文件。

## PDF 注释工作流

学术 PKM 的一个关键部分是阅读论文、高亮文本、添加笔记并将这些见解传输到您的知识图谱中。

### Zotero 路径

Zotero 具有内置的带标签 PDF 阅读器。当您高亮文本并添加便笺时，Zotero 会保存这些注释。

使用 Obsidian Zotero Integration 插件，您可以在 Obsidian 中触发“导入笔记”命令。该插件将获取论文的元数据，拉取您的所有亮点，抓取您裁剪的任何图像，并将其格式化为干净的 Markdown 文档。如果您在 Zotero 中使用了颜色编码的高亮（例如，黄色表示方法，红色表示评论），您可以将这些颜色映射到 Obsidian 中的特定 Markdown 格式或标注块。这是一个无缝且高度可定制的管道。

### Mendeley 路径

Mendeley 也拥有出色的内置 PDF 阅读器，可以说比 Zotero 的默认阅读器更流畅。它能很好地处理高亮、便笺和跨设备同步。

当您想将这些注释从 Mendeley 导出到 Obsidian 时，问题就出现了。由于数据被锁定在云端或在本地加密，您无法使用自动化的 Obsidian 插件来拉取您的亮点。您被迫手动将 Mendeley 中的注释导出为文本文件，然后复制粘贴到 Obsidian 笔记中。这种手动摩擦挫败了集成 PKM 系统的目的。

## 数据所有权和未来保障

Obsidian 的核心理念是“本地优先，纯文本”。您永远拥有您的数据。在选择参考管理器时，考虑它是否符合此理念至关重要。

Zotero 与 Obsidian 完美契合。您的数据库存在于您的硬盘上。您可以使用 Zotfile 等插件（或 Zotero 的内置文件管理功能）自动重命名您的 PDF 并将其存储在特定文件夹中——甚至直接存储在您的 Obsidian vault 中。如果 Zotero 明天停止存在，您的 PDF 和导出的 `.bib` 文件仍然完全可访问。

Mendeley 完全朝着相反的方向发展。通过强制用户使用依赖于云的基础设施并加密本地缓存，Elsevier 将您的数据锁定在其生态系统中。如果您失去互联网访问，您的工作流就会降级。如果您将来想从 Mendeley 迁移，提取您组织好的 PDF 和注释是一个众所周知的困难过程。

## 设置工作流的实用建议

如果您致力于在 Obsidian 中构建研究工作流，那么前进的道路是清晰的。以下是构建健壮、可靠系统的方法：

1.  **安装 Zotero：** 下载开源客户端。
2.  **添加 Better BibTeX：** 立即安装此 Zotero 插件。进入其首选项并设置您的引文键格式（例如，`[auth:lower][year]`）。将其设置为自动将您的图书馆 `.json` 导出文件更新到您的 Obsidian vault 中。
3.  **配置文件管理：** 将 Zotero 设置为使用标准格式（作者 - 年份 - 标题）重命名您附加的 PDF，并将其存储在单个本地目录中。
4.  **在 Obsidian 中安装 Zotero Integration：** 安装此社区插件。将其指向您的 Zotero 数据库并配置一个 Nunjucks 模板。首先保持您的模板简单：标题、作者、年份、摘要以及一个打印出您的 PDF 注释的循环。
5.  **养成阅读习惯：** 完全在 Zotero 的原生 PDF 阅读器中阅读和注释。完成后，打开 Obsidian，触发导入命令，并观察您的 Markdown 文献笔记自动生成。

## 结论

在评估 Zotero 与 Mendeley 在 Obsidian 集成方面时，比较结果明显一边倒。Zotero 的开源性质、强大的本地数据库和专门的社区带来了感觉像原生功能的集成工具。它允许引文和注释的自动化、无缝传输直接进入您的 Markdown 笔记。

Mendeley 仍然是传统学术写作和团队协作的强大工具，但其封闭的生态系统和加密架构使其与 Obsidian 用户所需的本地优先、高度连接的工作流根本不兼容。对于 PKM 和笔记制作，Zotero 是必不可少的选择。

## 常见问题

### 我可以将现有的 Mendeley 图书馆迁移到 Zotero 吗？
是的。Zotero 有一个专门针对 Mendeley 的内置导入器。由于 Mendeley 加密了其数据库，您需要遵循 Zotero 的具体说明，这通常涉及通过 Zotero 导入器登录您的 Mendeley 在线帐户以绕过本地加密。

### 我需要为 Zotero 存储付费才能在 Obsidian 中使用它吗？
不需要。只有当您希望 Zotero 托管您的 PDF 文件以在设备之间同步时，才需要为 Zotero 的云存储付费。您的元数据始终免费同步。如果您想要免费的 PDF 同步，您可以将 Zotero 配置为通过任何标准 WebDAV 服务同步您的附件文件，或者简单地将您的 Zotero PDF 文件夹存储在 Dropbox 或 Google Drive 等云盘中。

### Citations 插件和 Zotero Integration 有什么区别？
Citations 插件主要用于搜索您的图书馆并在写作时快速插入 Markdown 引文键。Zotero Integration 是一个更重、更强大的工具，旨在导入整个元数据块并提取 PDF 注释以创建全面的文献笔记。许多用户同时运行这两个插件。

### Mendeley 是否为 Obsidian 开发人员提供任何 API 访问？
Mendeley 确实有 API，但它受到严格限制，需要复杂的 OAuth 身份验证工作流，并且经常以破坏第三方工具的方式进行更新。由于这些开发障碍，目前没有可靠、持久的 Obsidian 插件适用于现代 Mendeley Reference Manager。